가축질병 차단 방역에 있어 축사를 드나드는 사람과 축사 주변 소독과 함께 특히 강조되는 것은 새로 입식되는 가축으로부터 질병 감염을 막는 일이다. 격리사육이 반드시 필요하다는 이야기다. 격리사육은 구제역이 아니더라도 일반 호흡기질병 등 소모성 질병 예방을 위해서도 반드시 필요하다. 돼지 사육 농장은 후보돈 구입 등의 경우 질병 감염돈 유입 가능성이 높기 때문에 전문가들은 농장에 입식하기 전 격리된 돈사에서 적어도 6주간은 격리 사육할 것을 권하고 있다. 좀더 자세히 살펴보면 외부 돼지 도입시 양돈장에 질병이 전파되는 경로는 많은 양의 병원성 미생물과 병원균이 다른 농장으로부터 옮겨오는 경우와 기존 양돈장에서 상재해 있던 병원균이 환경조건의 변화로 활성화 되어 질병이 발생하는 경우다. 어떤 경우든 분명한 것은 외부로부터 돼지가 도입되는 그 때가 질병 감염의 우려가 가장 크다는 것이다. 따라서 격리사육을 통해 질병 감염여부를 세밀하게 관찰함은 물론 소독을 철저히함으로써 외부로부터 농장으로 질병이 유입되는 것을 막아야 할 것이다. 소의 경우도 크게 다를 바 없다. 젖소든 한우든 외부에서 새로 구입하여 입식하고자 할 경우 일정기간 격리사육이 필요하다. 특히 한우의 경우 외부에서 구입한 송아지는 수송및 환경 변화에 따른 스트레스로 질병에 대한 면역능력이 떨어지므로 항생제 및 영양제, 비타민제 등을 투여하고 찬바람을 차단하되 보온과 환기가 잘 되도록 깔짚을 충분히 깔아 준 후 별도의 축사에서 2주정도 격리 사육후 축사에 입식시킬 것을 전문가들은 권유하고 있다. 그러나 소 사육 현장에서 격리 우사를 따로 갖는다는 것은 쉽지 않은 일이다. 규모가 작을수록 더욱 그렇다. 따라서 구제역 등 악성가축질병을 예방하기 위해서는 적어도 입식하기 전 하루 이틀간이라도 침흘림이나 수포 여부 등을 세밀하게 관찰한 다음 입식하는 자세가 반드시 요구된다. 이때 소독을 철저히해야 함은 기본중의 기본이다.